Soria está fundada, como le sucede a San Esteban de Gormaz, sobre un punto crucial de paso del río Duero en su margen derecha. El camino que proviniente de la Castilla occidental se dirigía hacia Aragón vadeaba el Duero por donde ahora se encuentra el puente que da continuidad al Collado, el eje viario urbano. El control de ese paso estratégico estuvo en el origen de la ciudad.
La noticia documentada más antigua con referencia a Soria es la que se tiene por medio de la crónica «Historias de Al-Andalus» del historiador del siglo XIII Aben-Adhari de Marruecos (Ibn`Idari al-Marrakusi), traducida por Francisco Fernández y González en 1860. Allí se relata cómo en el año 868 Al-Hakan, en nombre de su padre el emir Muhammad, tuvo que intervenir militarmente en Soria, a la sazón bajo control del sublevado Suleiman-ben-Abdos, para restituir la localidad a la soberanía cordobesa. Suele atribuirse al conde castellano Fernán González la primera conquista de Soria tras más de dos siglos de ocupación musulmana, admitiéndose también la pérdida y recuperación de la misma en más de una ocasión, acciones a las que se vincula al conde Sancho García y a Alfonso VI. En efecto, la ayuda que Sancho García prestó a Sulayman para hacerse con el califato de Córdoba fue recompensada con la entrega de doscientas fortalezas, entre ellas las de San Esteban de Gormaz, Clunia, Osma y Gormaz que pasaron a poder del conde castellano en agosto de 1010. Esta cesión la confirman diversos cronistas árabes y de ella dan cuenta pormenorizada los Anales Compostelanos. Por su parte, el Cronicón de Cardeña añade a las poblaciones anteriores otras que no detalla y que estarían en Extremadura, zona constituida entonces no por las actuales provincias de Cáceres y Badajoz, sino por las tierras del Duero oriental, esto es, el entorno de la ciudad de Soria. De aquí cabe inferir la posibilidad de que Soria fuese una de las plazas fuertes que componían el lote de las doscientas traspasadas a Sancho García. De otro lado, Alfonso VI pudo ser quien la conquistase definitivamente, como consta que hizo con Almazán hacia 1098, si bien se desinteresó por ambas poblaciones que hubieron de esperar a que Alfonso I el Batallador procediese a su repoblación.
Este monarca aragonés casó con Urraca Alfónsez, reina de Castilla en tanto que primogénita y heredera de Alfonso VI. Por las capitulaciones matrimoniales suscritas en diciembre de 1109, el Batallador tomaba el cetro castellano como rey consorte, y bajo este título inició enseguida una activa intervención en los territorios de su esposa. Una de las primeras acciones llevadas a cabo, a partir de 1110, fue la repoblación de algunos lugares de la Extremadura castellana fronteriza con Aragón, entre ellos los de Berlanga, Almazán y Soria. Existen opiniones diferentes con respecto a la fecha de repoblación de Soria, pues hay quien la fija en 1114, mientras que los Anales Compostelanos, por su parte, la posponen a 1119 (Era 1157) cuando afirman: «Era MCLVII populavit rex Aldefonsus Soriam». Seguramente la repoblación no se produjo en un momento puntual y concreto sino que fue el resultado de un proceso que culminó en 1119, pues ese año o el siguiente, constituida ya la comunidad de villa y tierra en un núcleo de población digno de poseer su propia regulación jurídica, Alfonso I le concedió el Fuero Breve que no pasaría de ser más que una carta puebla con franquicia cuyo contenido se desconoce pues no se ha conservado. El matrimonio de Urraca de Castilla y Alfonso I de Aragón fue de lo más turbulento y acabó en ruptura. Tras ello, el Batallador retuvo en su poder algunos territorios castellanos, siendo Soria una de las localidades que pasaron de hecho al reino de Aragón. Así se había acordado en el Pacto de Támara suscrito en julio de 1127, un año después del fallecimiento de la reina Urraca, por su hijo y heredero Alfonso VII y el padrastro de éste, Alfonso el Batallador, y así se mantuvo hasta 1134. En este año murió el monarca aragonés y ocupó el trono vacante su hermano Ramiro II el Monje. La debilidad de éste y sus disensiones con Navarra dieron ocasión a Alfonso VII el Emperador, por entonces rey de Castilla y León, para llegar con un nutrido ejército hasta la misma ciudad de Zaragoza, habiendo ocupado antes otras importantes poblaciones aragonesas, como Calatayud, Daroca y Tarazona. Por supuesto, aprovechó esta expedición militar para recuperar para Castilla la región del Duero oriental incluida la propia plaza de Soria. Dos años después, en 1136, se formalizó la reincorporación de pleno derecho de Soria a la corona castellana por pacto entre los monarcas Alfonso VII y Ramiro II.
En esta época -primer tercio del siglo XII- puede fecharse la construcción del castillo que corona el cerro al que da nombre (Cerro del Castillo), sin que tal datación sea segura, habiendo quien la adelanta casi dos siglos para atribuir al conde Fernán González la erección al menos de su torre. Muy poco queda de aquella fortaleza pero sus restos aún dan a entender que tuvo amplia plaza de armas central, sólida torre del homenaje y doble recinto amurallado. El poblado creció a su amparo descendiendo por las laderas del cerro. Otro cerro, el del Mirón, se enfrenta al del Castillo modelando entre ambos la depresión del Collado. Cuando el crecimiento del caserío desbordó el espacio de su primer asentamiento, cruzó la vaguada y colonizó el Cerro del Mirón. Esta expansión dio lugar a una cerca amurallada de mayor desarrollo -unos ocho kilómetros-, y de geometría rectangular, que ofreció cobijo a la ciudad bajomedieval.
Soria fue protagonista de un episodio histórico que la vincula estrechamente con Alfonso VIII. Huérfano éste a la edad de tres años (1158), quedó encomendada su tutoría a Gutierre Fernández de Castro. La tutela del rey niño era asímismo ambicionada por la poderosa familia de los Lara. Manrique de Lara consiguió arteramente que don Gutierre entregase su pupilo al alférez mayor de Castilla García Garcés de Aza, a través del cual lo obtuvo para sí. Con objeto de ponerlo a resguardo de los Castro, que intentaron recuperarlo incluso solicitando el auxilio del rey de León Fernando II, lo llevaron a Soria, villa segura por sus fuertes defensas y alejada del vecino reino leonés. Allí permaneció el futuro rey custodiado por un fiel deudo de los Lara del linaje de los Santa Cruz. Fernando II, pretextando acudir a la llamada de los Castro, pero impulsado más bien por intereses propios, pues retener en su poder a su sobrino Alfonso era tanto como disponer del reino de Castilla, se presentó en Soria tras haber obtenido la adhesión de Burgos y Toledo. Una vez allí reclamó al niño Alfonso, mas confabulados los sorianos lograron ponerlo a salvo por medio de don Pedro Núñez de Fuentearmegil, quien en continua galopada lo trasladó a San Esteban de Gormaz, de donde, a su vez, Nuño de Lara lo llevó a Atienza. Siempre se ha asegurado que Alfonso VIII guardó un especial reconocimiento a Soria por aquella intervención, y que cuanto hizo luego el rey en favor de la villa responde a ese ánimo de gratitud. Puede que así lo sintiese in péctore pero nunca se explicitó en documento alguno ni hay pruebas de la manida predilección del monarca por Soria. En este sentido, Blas Taracena y José Tudela dicen en su Guía de Soria y su Provincia que «Alfonso VIII no olvidó este servicio, y más adelante dio a los sorianos el privilegio de no salir a campaña sino con la persona del Rey», pero esto mismo se lo atribuye Antonio Pérez Rioja a Fernando IV cuando afirma en su obra Crónica de la Provincia de Soria que dicho rey concedio en 1304 privilegio «para que los caballeros y escuderos sorianos no pudiesen salir a campaña a que no asistiesen el rey o el príncipe heredero».
Lo cierto es que Alfonso VIII, en un acto que no tiene nada de extraordinario ni supone un singular favoritismo, otorgó al Concejo de la villa el Fuero extenso en fecha indeterminada no anterior en ningún caso a 1190 ni posterior a 1214, año en el que murió el rey. Ambos textos legales, el Fuero breve antes citado y este Fuero extenso, compendiados y ampliados, sirvieron de base para el Fuero Real que concedió Alfonso X el Sabio en 1256 y que perduró durante varios siglos. No todo cuanto aconteció en el reinado de Alfonso VIII fue beneficioso para Soria: para solventar antiguos conflictos territoriales, Sancho VII el Fuerte de Navarra, aprovechándose de la derrota que Alfonso VIII sufrió en Alarcos ante los almohades en 1195, llevó a cabo una incursión por la zona oriental de Castilla en ese mismo año, llegando a Soria y Almazán y estragando ambas poblaciones. No obstante, Soria no sólo se repuso de este grave contratiempo sino que encaró el siglo XIII como el periodo de su mayor pujanza y prosperidad. En 1266, por mediación del mismo Alfonso X que diez años antes había dado a la villa de Soria el Fuero Real, se veía elevada ahora a la categoría de ciudad según bula expedida por Clemente IV quien, en el mismo protocolo pontificio, concedía a la Colegiata de San Pedro el rango de concatedral a compartir con la catedral de El Burgo de Osma, si bien esto no se hizo efectivo hasta 1959. Avanzaba con esto el siglo XIII y quedaba atrás el periodo medieval románico objeto del interés de esta página web.